Nenek Moyang Virus Corona Bersembunyi di Kelelawar Siap Menginfeksi Manusia

JAKARTA - Nenek moyang virus Corona baru mungkin telah beredar di kelelawar tanpa diketahui selama beberapa dekade. Bahayanya, virus Corona itu kemungkinan juga memiliki kemampuan untuk menginfeksi manusia, menurut sebuah penelitian baru. (Baca juga: Epidmiolog: Istilah Zona Hijau dan Kuning Sesat, Indonesia Merah Corona )

Untuk memahami dari mana asal virus Corona, yang dikenal sebagai SARS-CoV-2, dan bagaimana penyebarannya ke manusia, para ilmuwan perlu melacak sejarah evolusinya melalui gen virus, yang dikodekan dalam asam ribonukleat atau RNA. Tetapi sejarah evolusi SARS-CoV-2 rumit, karena virus Corona diketahui sering bertukar materi genetik dengan virus Corona lain.

Pertukaran gen, yang disebut rekombinasi genetik, juga mempersulit para ilmuwan untuk mengetahui bagaimana virus Corona pertama kali menyebar ke manusia. Beberapa peneliti mengusulkan penularan kelelawar ke manusia secara langsung, sementara yang lain berhipotesis ada spesies tengah, seperti trenggiling, yang terlibat.

Dalam studi baru, yang dilaporkan Live Science, para peneliti pertama-tama mengidentifikasi bagian RNA dalam genom SARS-CoV-2 yang telah berevolusi "sebagai satu bagian utuh," tanpa rekombinasi genetik, sejauh yang mereka bisa pelajari, kata co-lead penulis Maciej Boni, seorang profesor biologi di Pusat Dinamika Penyakit Menular di Penn State.

Mereka kemudian membandingkan wilayah genetik ini dengan daerah yang memiliki virus Corona serupa yang ditemukan pada kelelawar dan trenggiling. Menambahkan bukti untuk mendukung temuan sebelumnya, mereka menemukan SARS-CoV-2 paling erat terkait dengan virus Corona kelelawar lain yang dikenal sebagai RaTG13.

Dalam studi sebelumnya, para ilmuwan telah melihat secara khusus pada gen yang bertanggung jawab atas apa yang disebut domain pengikat reseptor (RBD) dari protein "lonjakan" virus Corona -bagian yang memungkinkan virus untuk berlabuh ke reseptor ACE2 dalam sel manusia dan menginfeksi mereka.

Penelitian itu menemukan bagian RBD dari protein lonjakan secara genetik lebih mirip dengan virus Corona yang ditemukan pada trenggiling (disebut Pangolin-2019) dibandingkan RaTG13. Ada dua penjelasan yang mungkin untuk temuan ini.

Pertama, virus SARS-CoV-2 telah berevolusi kemampuannya untuk menyebar ke manusia dalam trenggiling (tidak mungkin, mengingat bahwa SARS-CoV-2 lebih dekat hubungannya dengan RaTG13 daripada virus trenggiling yang dikenal). "Penjelasan kedua, bahwa SARS-CoV-2 telah memperoleh RBD ini melalui rekombinasi dengan virus trenggiling," kata Boni.

Tetapi dalam analisis baru, para peneliti tidak menemukan bukti rekombinasi dalam gen protein lonjakan SARS-CoV-2. Sebagai gantinya, data sekuensing genetik baru menyarankan penjelasan ketiga untuk apa yang terjadi: Gen-gen untuk protein lonjakan, dan dengan demikian kemampuan virus korona untuk menginfeksi sel manusia, diturunkan dari nenek moyang yang sama yang akhirnya memunculkan ketiga virus Corona. Masing-masing adalah SARS-CoV-2, RaTG13, dan Pangolin-2019.

Para penulis mencatat masih mungkin trenggiling "atau spesies lain yang belum ditemukan" bisa bertindak sebagai inang perantara yang membantu penyebaran virus ke manusia. "Tapi itu tidak mungkin," kata Boni lagi.

Sebaliknya, temuan baru menunjukkan kemampuan untuk mereplikasi di saluran pernapasan bagian atas baik manusia dan trenggiling sebenarnya berevolusi pada kelelawar. Dari kelelawar, SARS-CoV-2 bisa menyebar langsung ke manusia.

Berputar Selama Beberapa Dekade
Tetapi kapan silsilah yang memunculkan SARS-CoV-2 pertama kali menyimpang dari dua garis keturunan virus lainnya? Untuk mengetahui hal ini, para peneliti mengidentifikasi mutasi atau perbedaan dalam nukleotida spesifik -molekul yang membentuk RNA dari coronavirus- di antara berbagai virus.

Mereka kemudian menghitung jumlah mutasi yang ada di wilayah genom SARS-CoV-2 yang belum mengalami rekombinasi. Dan mengetahui tingkat perkiraan di mana virus Corona bermutasi setiap tahun, mereka menghitung sudah berapa lama sejak ketiganya berbeda.

Mereka menemukan lebih dari seabad lalu, ada satu garis keturunan yang akhirnya akan memunculkan virus SARS-CoV-2, RaTG13, dan Pangolin-2019. Bahkan kemudian, "garis keturunan ini mungkin memiliki semua asam amino yang diperlukan dalam situs pengikatan reseptornya untuk menginfeksi sel manusia," jelas Boni.

Pada saat itu, virus Pangolin-2019 menyimpang dari virus SARS-CoV-2 dan RaTG13. Kemudian, pada 1960-an atau 1970-an, garis keturunan ini terpecah menjadi dua, menciptakan garis keturunan RaTG13 dan garis keturunan SARS-CoV-2. Suatu waktu antara 1980 dan 2013, garis keturunan RaTG13 kehilangan kemampuan mengikat reseptor manusia, tetapi SARS-CoV-2 tidak.
Iklan

"Silsilah SARS-CoV-2 bersirkulasi pada kelelawar selama 50 atau 60 tahun sebelum melompat ke manusia," kata Boni. Menjelang akhir 2019, "seseorang baru saja sangat tidak beruntung" dan melakukan kontak dengan SARS-CoV-2 dan itu memicu pandemik.

"Silsilah SARS-CoV-2 bersirkulasi pada kelelawar selama 50 atau 60 tahun sebelum melompat ke manusia," kata Boni.

Ada kemungkinan garis keturunan virus lain dari leluhur berusia seabad yang sama juga mengalami evolusi selama puluhan tahun. "Pertanyaannya adalah, 'Apakah ada setengah lusin garis keturunan ini, 20, atau seratus?' Dan tidak ada yang tahu. Tetapi kemungkinan ada orang lain di luar sana yang bersembunyi di kelelawar yang dapat menyebar ke manusia," klaimnya.

"Makalah ini memberikan lebih banyak petunjuk untuk memahami bagaimana hal ini dan virus Corona lainnya dapat muncul," kata Dr Amesh Adalja, seorang ahli penyakit menular di Pusat Keamanan Kesehatan Johns Hopkins di Baltimore, AS, yang tidak menjadi bagian dari penelitian ini.

"Kami hanya benar-benar tahu ujung gunung es ketika datang ke virus yang dipendam kelelawar. Melihat kerabat dari virus Corona telah ada selama bertahun-tahun, menunjukkan ada begitu banyak yang tidak diketahui. Ketika datang ke kesiapan pandemik, memiliki sistem pengawasan yang jauh lebih kuat adalah satu-satunya cara kita melindungi diri dari ancaman ini di masa depan," kata Adalja.

Banyak pengambilan sampel virus dilakukan pada unggas domestik dan liar di Asia Timur, Asia Tenggara dan di bagian lain dunia dalam upaya mencegah potensi pandemi flu burung. "Jika seseorang terinfeksi virus flu burung, waktu penyelesaian untuk memahami bahwa itu akan menjadi sekitar 48 jam dan kita akan segera tahu bahwa orang ini perlu diisolasi segera dan langkah-langkah lain akan mengikuti. Tetapi untuk virus Corona kelelawar, tidak ada langkah pencegahan seperti itu," bebernya.

Butuh waktu lebih dari sebulan setelah SARS-CoV-2 pertama kali menyebar ke manusia bagi para ilmuwan untuk memiliki genom novel virus Corona di tangan mereka. Ini cukup waktu bagi virus untuk menyebar ke 1.000 orang. "Pada saat itu sudah terlambat," sesalnya.

Temuan ini sendiri telah diterbitkan pada 28 Juli di jurnal Nature Microbiology. (Baca juga: Badai Resesi Menyerang Negara Adidaya, Awas Mengancam Industri Nasional )